Sejak muda Natsume mampu melihat mahluk yang disebut youkai, tetapi karena kemampuannya tidak ingin diketahui orang lain membuatnya semakin terbebani dan membuat hidupnya semakin sulit. Namun setelah membaut kontrak dengan roh terkenal Madara dia mulai mengetahui arti dari dibalik Buku Persahabatan, dan dimulailah kisah kehidupannya.