Naruto Shippuden adalah sebuah seri anime yang diadaptasi dari bagian II manga Naruto. Serial ini disutradarai oleh Hayato Date dan diproduksi oleh Studio Pierrot dan TV Tokyo. Pada bagian ini, pergerakan organisasi Akatsuki semakin terlihat. Naruto Shippuden juga telah dibuat versi movie-nya dengan judul Naruto Shippuden The Movie yang dirilis di Jepang pada Agustus 2007. Film ini menceritakan tentang usaha ninja jahat dalam membangkitkan Mouryou, roh jahat yang telah dikalahkan 20 tahun yang lalu. Setelah Naruto Shippuden The Movie dirilis, hadir pula Naruto Shippuden The Movie 2: Bond. Film ini menceritakan serangan kelompok ninja dari Negara Langit kepada Konoha. Kemudian Naruto Shipp?den The Movie 3: Inheritors of the Will of Fire. Di sini diceritakan Konoha dituduh sebagai dalang penyebabnya para ninja dengan Kekkei Genkai menghilang dari Sunagakure, Kirigakure, Kumogakure dan Iwagakure.