Medaka Kurokami, seorang siswi kelas satu di Akademi Hakoniwa, unggul dalam segala hal yang dia lakukan. Dia menjadi ketua OSIS bersama dengan teman masa kecilnya, Zenkichi Hitoyoshi, dia berencana untuk menyelesaikan semua masalah dalam tubuh para pelajar yang dikirimkan melalui kotak saran, yang dijuluki “Medaka Box.”