Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi berlangsung satu tahun setelah kekalahan Bagramon dan perusahaan. Sejak itu, Taiki Kudou dan Yuu Amano telah membentuk tim bola basket dengan teman sekelas Yuu, Tagiru Akashi. Suatu hari, Tagiru menemukan daerah aneh yang disebut DigiQuartz, sebuah dunia yang aneh dan tidak stabil yang ada di antara dunia manusia dan dunia digital. Dia kemudian menyadari bahwa anak-anak di seluruh dunia telah memperoleh Xros Loader serta mitra Digimon untuk berpartisipasi dalam kompetisi yang disebut ‘Digimon Hunt’.Digimon yang mengembara dari dunia digital ke DigiQuartz mampu memberi makan dari apa yang emosi negatif bocor dari dunia manusia. Hal ini membuat Digimon lebih kuat dengan mengorbankan menjadi sangat keras. Akibatnya, Pemburu Digimon harus bekerja untuk menghentikan Digimon ini dari mendatangkan malapetaka di dunia manusia. Bergabung dengan pembuat masalah Gumdramon, Tagiru bertujuan untuk menjadi Digimon Hunter teratas, semua sementara tidak menyadari Taiki dan koneksi Digimon Yuu sebelumnya. Namun kekuatan jahat mengintai dengan penciptaan DigiQuartz, dan para Pemburu muda akan segera menyadari bahwa Hunt Digimon jauh lebih dari permainan sederhana …